MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lactobacillus sanfranciscensis TMW 1.1304 plasmid pLS2

Total Repeats: 165

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015980	TAAAA	2	10	1	10	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015980	ATA	2	6	11	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015980	TA	3	6	38	43	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015980	TAA	2	6	72	77	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015980	A	7	7	86	92	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015980	GGT	2	6	138	143	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015980	T	7	7	1258	1264	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015980	ATT	2	6	1319	1324	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015980	ATTAT	2	10	1395	1404	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015980	CTT	2	6	1429	1434	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_015980	T	6	6	1433	1438	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015980	ATT	2	6	1441	1446	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015980	TA	3	6	1454	1459	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015980	ATT	2	6	1489	1494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015980	AAAACA	2	12	1498	1509	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015980	T	7	7	1519	1525	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015980	ATT	2	6	1580	1585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015980	ATTAT	2	10	1656	1665	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015980	CTT	2	6	1690	1695	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_015980	T	6	6	1694	1699	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015980	ATT	2	6	1702	1707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015980	TA	3	6	1715	1720	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015980	ATT	2	6	1750	1755	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015980	AAAACA	2	12	1759	1770	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_015980	T	8	8	1780	1787	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015980	ATT	2	6	1842	1847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015980	ATTAT	2	10	1918	1927	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015980	CTT	2	6	1952	1957	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_015980	T	6	6	1956	1961	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015980	ATT	2	6	1964	1969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015980	TA	3	6	1977	1982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015980	ATT	2	6	2012	2017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015980	AAAACA	2	12	2021	2032	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_015980	TCT	2	6	2043	2048	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_015980	AT	3	6	2118	2123	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015980	T	6	6	2123	2128	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015980	ACA	2	6	2150	2155	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_015980	TAG	2	6	2174	2179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015980	GAA	2	6	2200	2205	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015980	AGC	2	6	2217	2222	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_015980	TAC	2	6	2277	2282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015980	A	6	6	2388	2393	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015980	ATC	2	6	3543	3548	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015980	ATTA	2	8	3586	3593	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015980	TAGGA	2	10	3629	3638	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015980	A	7	7	3654	3660	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015980	T	6	6	3679	3684	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015980	TCT	2	6	3737	3742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015980	CCA	2	6	3830	3835	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_015980	TAA	2	6	3838	3843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015980	GAA	2	6	3857	3862	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015980	TGTTTT	2	12	3892	3903	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015980	ATAA	2	8	3904	3911	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015980	T	6	6	3930	3935	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015980	CTG	2	6	3952	3957	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_015980	ATT	2	6	3958	3963	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015980	GAA	2	6	4017	4022	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015980	TCGTG	2	10	4031	4040	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015980	ATG	2	6	4108	4113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015980	AGC	2	6	4196	4201	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_015980	AGA	2	6	4349	4354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015980	AT	3	6	4576	4581	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015980	ATTCA	2	10	4596	4605	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_015980	CAG	2	6	4634	4639	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_015980	CCCA	2	8	4673	4680	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
66	NC_015980	CAA	2	6	4731	4736	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_015980	TAAC	2	8	4739	4746	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_015980	GTTG	2	8	4752	4759	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015980	AAT	2	6	4784	4789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015980	TGT	2	6	4805	4810	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015980	AT	3	6	4833	4838	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015980	ATT	2	6	4908	4913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015980	TCC	2	6	6037	6042	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_015980	TTTTAT	2	12	6061	6072	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015980	AT	3	6	6126	6131	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015980	GGA	2	6	7571	7576	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015980	AAT	2	6	9412	9417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015980	T	6	6	9495	9500	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015980	A	6	6	9547	9552	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015980	TGA	2	6	9554	9559	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015980	AT	3	6	10276	10281	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015980	TAAT	2	8	10299	10306	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015980	TGA	2	6	10323	10328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015980	T	6	6	10349	10354	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015980	TAT	2	6	10361	10366	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015980	A	7	7	10377	10383	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015980	GTT	2	6	10417	10422	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015980	T	6	6	10548	10553	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015980	A	6	6	10597	10602	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015980	A	6	6	10614	10619	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015980	CGAA	2	8	10679	10686	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_015980	TAA	2	6	10732	10737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015980	CAC	2	6	10750	10755	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_015980	CCA	2	6	10756	10761	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_015980	CAT	2	6	10887	10892	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_015980	CATTT	2	10	10928	10937	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_015980	A	6	6	10965	10970	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015980	TCG	2	6	11085	11090	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_015980	AAG	2	6	11191	11196	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015980	CAA	2	6	11210	11215	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_015980	AAAAAT	2	12	11217	11228	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015980	TGA	2	6	11269	11274	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015980	A	7	7	11314	11320	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015980	GT	3	6	13914	13919	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015980	TA	3	6	13931	13936	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015980	ATA	2	6	15292	15297	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015980	TTC	2	6	15375	15380	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_015980	CAA	2	6	15441	15446	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_015980	TGA	2	6	15450	15455	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015980	AAC	2	6	15540	15545	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_015980	CGA	2	6	15583	15588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_015980	GCAAT	2	10	15602	15611	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_015980	GCT	2	6	15621	15626	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_015980	TA	4	8	15642	15649	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015980	AGA	2	6	15836	15841	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015980	CAC	2	6	15881	15886	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_015980	T	7	7	15945	15951	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015980	TCA	2	6	15958	15963	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_015980	CTT	2	6	16011	16016	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_015980	GCT	2	6	16085	16090	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_015980	A	6	6	16187	16192	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015980	A	6	6	16266	16271	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015980	GAA	2	6	16298	16303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015980	CCT	2	6	16337	16342	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_015980	A	6	6	16401	16406	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015980	TTTC	2	8	16419	16426	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_015980	TTG	2	6	16545	16550	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015980	T	7	7	16581	16587	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015980	CCT	2	6	16596	16601	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_015980	GA	3	6	16658	16663	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015980	TCT	2	6	16841	16846	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_015980	CCT	2	6	16877	16882	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_015980	AAC	2	6	16893	16898	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_015980	ACT	2	6	16908	16913	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_015980	CTA	2	6	16920	16925	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_015980	ATTC	2	8	16950	16957	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_015980	GCC	2	6	16972	16977	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_015980	AAC	2	6	17690	17695	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_015980	TAT	2	6	17698	17703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015980	T	7	7	17759	17765	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015980	TCCT	2	8	17829	17836	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_015980	TTTA	2	8	17855	17862	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015980	TTTAG	2	10	17925	17934	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015980	AGA	3	9	17979	17987	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015980	TCG	2	6	18000	18005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_015980	CGT	2	6	18016	18021	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_015980	TA	3	6	18029	18034	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015980	A	6	6	18067	18072	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_015980	A	7	7	18079	18085	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_015980	TGTT	2	8	18117	18124	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_015980	TCAT	2	8	18136	18143	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_015980	AT	3	6	18216	18221	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_015980	ATTA	2	8	18224	18231	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_015980	AGA	2	6	18241	18246	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_015980	TAA	2	6	18337	18342	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_015980	TA	3	6	18445	18450	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_015980	T	7	7	18469	18475	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_015980	TGG	2	6	18495	18500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
159	NC_015980	GAAG	2	8	18514	18521	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
160	NC_015980	T	8	8	18540	18547	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_015980	AT	3	6	18557	18562	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_015980	T	7	7	18588	18594	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_015980	ATT	2	6	18616	18621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_015980	TATAT	2	10	18635	18644	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_015980	ATT	2	6	18704	18709	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.